1954年,海口市红十字会成立,设址市卫生局内,配有2名专职干部主持日常工作。
1961年~1962年和1965年~1966年间,市红十字会在全市各个民兵组织中战伤救护训练。
1966年“文化大革命”开始后,红十字会活动自行停止。
1981年11月,市红十字会恢复,会址仍设在市卫生局,其办公室由卫生局医政科兼管,未配备专职人员。
2001年机构改革时,市红十字会升格为副处级单位,暂由市卫生局分管。
2005年市编委根据《中华人民共和国红十字会法》的规定,理顺了红十字会的管理体制,由市政府直接管理。
2020年群团改革,海口市编委(海编〔2020〕60号)文件调整市红十字会机关机构编制,升格为正处级单位,同时增设2个正科级职能机构,分别为办公室、募捐赈济和捐献服务部。
2021年,经中共海口市第十三届委员会第211次常委会议研究批准:设立中共海口市红十字会党组。